康熙三十九年從開業之初，同仁堂就十分重視藥品質量，并以嚴格的管理作為保證。創始人樂顯揚的三子樂鳳鳴子承父業，康熙四十一年（1702年）在同仁堂藥室的基礎上開設了同仁堂藥店，他不惜五易寒暑之功，苦鉆醫術，刻意精求丸散膏丹及各類型配方，分門匯集成書。
      樂鳳鳴在該書的序言中提出“遵肘后，辨地產，炮制雖繁，必不敢省人工；品味雖貴，必不敢減物力”，為同仁堂制作藥品建立起嚴格的選方、用藥、配比及工藝規范，代代相傳，培育了同仁堂良好的商譽。

 清雍正元年“同仁堂” 以配制的中成藥療效顯著而名聲大震，并承辦宮廷藥料（可預領官銀，享有御賜特權）。

 清乾隆十八年鋪房大火燒盡，主事人樂以正病亡。

   1818至1837清嘉慶二十三年至道光十七年經營困難，曾招他人入股承治，且二度典與他姓（外股參入），但樂氏仍保留鋪東之位。

樂平泉（1810—1880），字清安，號印川，先撫族人，經營有方，于1843年收回外姓股資，償清債務，重回樂氏家族。

1875至1911清光緒元年至宣統四年同仁堂未領到承辦宮廷藥料的官銀，清皇室還賒賬十八萬兩白銀之多。

1880光緒六年樂平泉，遺孀許氏持鋪務二十余年，亡故后形成樂氏“四房共管”。

同仁堂樂氏家族第十三代嫡傳樂篤周，受命籌備北京同仁堂南京分號。

設立中華路31號的北平同仁堂京都樂家老鋪南京分號開業，同年，“南京同仁堂分號”（后標南京同仁堂總號）老白下路31號又開設“南京同仁堂支號”。

南京同仁堂業務擴大，從北京同仁堂調20名員工來南京分號工作。

南京同仁堂在中央商場內開設“南京同仁堂支店”，同年，在中華路31號原址翻蓋營業生產大樓，當年投入使用。

12月，日本侵略軍攻占南京，南京同仁堂營業大樓遭焚燒，被迫停業。

南京同仁堂營業生產大樓修整復業。

北京同仁堂總號執事樂達仁來南京同仁堂檢查工作，對南京分號的經營管理與北京總號一脈相承，表示滿意。

10月，中華人民共和國成立后，公方代表進駐南京同仁堂。

9月，南京同仁堂公私合營工作組草擬“同仁堂南京分號公私合營方案”。

11月，南京同仁堂資方代理人和公方代表聯合向南京市人民政府遞交公私合營申請報告。

10月，南京市人民政府批準南京同仁堂公私合營名稱為“公私合營南京同仁堂國藥號股份有限公司”。當年，生產中成藥44個品種，產值24.80萬元。約占南京市中成藥生產的98%。

8月2日，“公私合營南京同仁堂國藥號股份有限公司”更名“公私合營南京同仁堂制藥廠”。

10月，廠新址選定在雨花臺區中華門外眼香廟32號（后改窯崗村32號），經南京市城市規劃局批準同意征地9225.6平方米。

11月，更名“南京中藥廠”。

9月新廠區的基建工程基本完成。

10月，本廠在中華路218號、224號等的生產車間遷入新廠區。同年，新廠區共安裝生產設備88臺（套）”。

廠新產品試制組研制的“排石湯”（后改排石沖劑）開始立項。

11月，經批準“排石湯”（后改排石沖劑）投入生產。

排石沖劑批量開始出口。

2月，“排石沖劑”獲江蘇省科技成果獎。

11月，排石沖劑獲江蘇省優質產品證書、江蘇省優質名牌著名商標證書。

5月，恢復南京同仁堂制藥廠廠名。

1月，骨刺片獲江蘇省科技成果獎。

12月，排石沖劑獲國家醫藥管理局優質產品證書。同年，企業被國家醫藥管理局劃為全國56家重點中藥廠之一。

5月31日，企業通過全面整頓驗收并取得合格證。

8月，“石斛夜光丸”獲國家醫藥管理局優質產品證書。

10月，牛黃清心丸、大活絡丹，排石沖劑分別獲國家經貿部授予的“出口產品、品質優良”榮譽證書。

排石沖劑獲國家銀質獎證書。

9月15日，“同樂”商標，經中華人民共和國工商行政管理局商標局注冊，并批準使用；同月，牛黃消炎丸獲省優質產品稱號。

1月，成立廠中成藥研究所。同年，本廠通過省級先進企業審評，在全省同行業中首家獲得省級先進企業稱號。

9月，中醫藥管理局（1989）國醫經字第27號文：本廠晉升國家二級企業。

12月，石斛夜光丸獲國家中醫藥管理局優質產品獎。

牛黃清心丸獲江蘇省優質產品證書。

10月22日，我廠與新加坡裕豐參茸藥行正式簽約成立中新合資南京同仁堂裕豐制藥有限公司。

11月3日，本廠榮獲江蘇省醫藥行業優秀企業稱號。

12月，排石沖劑獲市政府頒發的“南京市名牌產品證書”。

12月12日，本廠被中華人民共和國內貿部授予“中華老字號”證書。

12月28日，排石沖劑被國家醫藥管理局推薦為“1995年中國中藥名牌產品”。

8月20日，止嗽化痰顆粒被國家經貿委認定為“1996年度國家級新產品”稱號”。

8月29日，三類新藥乳寧顆粒獲衛生部頒發的新藥證書。

12月，止嗽化痰顆粒獲國家級重點新產品證書。

4月21日，南京同仁堂制藥廠進入南京醫藥集團。

11月9日，南京同仁堂制藥廠改制為南京同仁堂藥業有限責任公司，公司由南京醫藥集團與南京同仁堂制藥廠職工持股會共同投資，其中：南京醫藥集團持股65.9％，南京同仁堂制藥廠職工持股會持股34.1％。

8月，乳寧顆粒獲1999年度國家級新產品稱號。
11月25日,在企業所屬銷售公司基礎上改制組建南京醫藥同樂藥業有限公司成立。

2月，“南京同仁堂醫藥科技發展有限公司”成立。

7月，南京同仁堂藥業有限責任公司被市科委認定為“高新技術企業”。

公司同樂牌乳寧顆粒、止嗽化痰顆粒、排石顆粒獲省名牌產品認定委員會授予的“江蘇省名牌產品”稱號。

3月，南京醫藥集團有限責任公司將所持有的“南京同仁堂有限責任公司”股權的55％轉讓給南京醫藥股份有限公司，另將10.9％股份轉讓給南京同仁堂制藥廠職工持股會。變更后的持股比例為南京醫藥股份有限公司占總股本55%，南京同仁堂制藥廠職工持股會占總股本45%。

9月3日，我公司止嗽化痰顆粒、乳寧顆粒被省科技廳認定為“二00一年江蘇省高科技產品”。

10月18日，我公司技術中心被認定為“南京市企業技術中心”。

11月20日，全公司九個劑型整體一次性通過國家GMP認證，開全國中成藥行業GMP認證整體一次性通過之先河。

2月9日，我公司樂家老鋪牌排石顆粒、止嗽化痰顆粒、乳寧顆粒榮獲二00二年度江蘇省名牌產品稱號。
     2月10日，我公司樂家老鋪牌排石顆粒榮獲二00二年度南京市名牌產品稱號。
     6月23號，市科技 局再次授予我公司為二00三年度南京市高新技術企業稱號。
     9月3日，江蘇省科學技術廳認定我公司為江蘇省第十二批高新技術企業。
     9月29日，我公司榮獲中國質量協會用戶委員會授予的“二00三年全國用戶滿意企業”稱號。
     10月8日，我公司榮獲南京質量協會授予的“南京市用戶滿意企業”稱號；樂家老鋪牌排石顆粒榮獲“南京市用戶滿意企業”稱號；我公司售后服務榮獲“南京市用戶滿意服務”稱號。
     11月18日，經中國誠信證券評估有限公司江蘇分公司專家委員會審定，授予我公司AAA級資信等級證書。
     12月，我公司榮獲江蘇省精神文明建設指導委員會授予的2001～2002年度江蘇省文明單位榮譽稱號。

1月7日，我公司產品樂家老鋪牌排石顆粒經市名牌產品認定委復審認定為二00三年度南京市名牌產品稱號。

1月17日，我公司產品痔瘡止血顆粒榮獲市政府授予的二00三年度市科技進步獎稱號。

6月12號，江蘇省質量管理協會授予我公司二00三年度江蘇省質量效益型先進企業稱號。

6月28日，我公司產品痔瘡止血顆粒被評為二00四年南京市高新科技產品。我公司與新加坡裕豐參茸藥行合資經營的南京同仁堂裕豐制藥有限公司于二00三年十二月三十日經營期滿，二00四年八月二十四日，經南京市工商行政管理局批準注銷。

9月17日，我公司產品樂家老鋪牌排石顆粒榮獲中國質量協會用戶委員會授予的二00四年全國用戶滿意產品稱號。

10月18日，南京市人民政府授予我公司二00四年度南京市質量管理獎稱號。

1月23日，公司產品樂家老鋪牌排石顆粒、乳寧顆粒、止嗽化痰顆粒榮獲二00四年江蘇省名牌產品稱號。

1月26日，我公司樂家老鋪牌排石顆粒經復審認定為南京市名牌產品。

6月，公司產品痔瘡止血顆粒獲國家重點新產品證書；我公司復評通過為市高新科技企業。

9月，中國質量協會全國用戶委員會經復評，繼續授予我公司全國用戶滿意企業稱號。

10月18日，公司獲南京質量協會授予的“南京市用戶滿意服務”榮譽稱號。

11月，省科技廳經復評，繼續授予我公司“江蘇省高新技術企業”稱號。

6月30日，南京同仁堂醫藥科技發展公司經南京市工商局登記注銷。

9月11日，我公司產品樂家老鋪牌排石顆粒被中國質量協會用戶委員會評為全國用戶滿意產品。

9月19日，公司被市科技局復評為南京市高新技術企業。

10月，南京市質量協會授予我公司“南京市用戶滿意企業”稱號。

10-11月，排石顆粒被評為南京市用戶滿意產品及高新科技產品。

11月7日，我公司被商務部認定為第一批“中華老字號”企業。

11月17日，我公司樂家老鋪文字圖形經市工商局認定為南京市著名商標。

3月1日，公司樂家老鋪牌排石顆粒被評為2006年度南京名牌產品。

10月15日，公司樂家老鋪牌乳寧顆粒被南京市科技局認定為2001年南京市高新技術產品。

10月20日，公司獲南京市質量協會授予的“南京市用戶滿意服務”稱號。

10月28日，公司順利通過由南京市經信委、市環保局、南京醫藥產業集團組織的清潔生產審核驗收，被評為二級先進水平。

12月20日，子公司南京醫藥同樂藥業有限公司經過現場認證檢查符合GSP規范，通過GSP重新認證。

12月25日，公司“樂家老鋪及圖形”商標被授權“江蘇省著名商標”。

3月4日，公司榮獲江蘇省科技廳、省財政廳、省國稅局、省地稅局聯合授予的“江蘇省2009年度第一批高新技術企業稱號”。

4月27日，時任南京市委書記朱善璐同志來公司視察并指導工作。

5月4日，國家工商行政管理局商標評審委員會商評字【2009】第11730號裁定書認定公司“樂家老鋪及圖”商標為中國馳名商標。

1月，公司榮獲2009年度南京醫藥行業質量管理先進企業稱號。

3月26日，公司重點品種乳寧顆粒被再次列為國家二級重要保護品種。

5月，樂家老鋪牌排石顆粒再次榮獲南京市政府授予的南京名牌產品稱號。

10月，分別又被南京市工商局、市政府評委“重合同守信用”企業，并再次榮獲中國質量協會頒發的“全國用戶滿意企業”證書。

3月，根據國家食品藥品監督管理局《關于基本藥物進行全品種電子監管工作的通知》要求，公司完成電子監管各項基礎工作，全面聯網運行。

5月，公司順利通過江蘇省環保廳第七批重點企業清潔生產審核。

6月，公司再次被南京市政府、市工商局評為“重合同守信用企業”。

12月，樂家老鋪牌排石顆粒、乳寧顆粒、止嗽化痰顆粒再次榮獲江蘇省名牌產品證書。

5月，公司深化改革，調整公司領導班子，引進新的經營團隊，確定了“一體兩翼”、創新營銷模式等發展戰略。

7月17日，營銷中心正式成立，下設四個事業部、六個職能部門；9月之后，普藥事業部、處方基藥事業部、國際貿易及連鎖事業部相繼成立。

11月，與南京高新開發區管理委員會簽訂投資入園協議，擬投資5.3億元，進行新版GMP達標改造。

2月18日，公司與中國醫藥集團聯合工程有限公司（原武漢醫藥設計院）簽訂新版GMP達標改造設計合同。

6月，公司官方微信公眾號及網站上線，開啟南京同仁堂自媒體傳播。

8月，子公司南京同仁堂藥事服務有限公司（后更名為南京同仁堂醫藥營銷有限公司）順利通過江蘇省認證中心的新版GSP現場認證檢查。

9月1日，子公司南京同仁堂樂家老鋪投資股份有限公司正式成立，藥醫一體化項目正式啟航。

11月，公司樂家老鋪牌養血補腎丸、黃芩顆粒、羚羊感冒口服液、山菊降壓膠囊、消風止癢顆粒、止嗽化痰顆粒、陽春膠囊等產品榮獲江蘇省科技廳頒發的江蘇省高新技術產品證書。

11月，經江蘇省科技廳審定，公司“江蘇省中藥制劑工程技術研究中心”正式掛牌。

1月10-13日，順利通過江蘇省認證中心檢查組對我公司前處理、提取以及各劑型進行的2010版GMP現場認證檢查，2月份獲得新版GMP證書。

5月17日，營銷公司召開“南京同仁堂營銷精英俱樂部成立大會暨首屆戰術研討會”。

6月，公司獲得新版GMP達標改造項目用地土地證；

8月項目辦整體進駐工地現場辦公。

7月，公司獲江蘇省科技廳、財政廳、國稅局、地稅局聯合授予的“江蘇省2015年第一批高新技術企業”。

9月17日，公司安全生產標準化建設（三級）通過檢查驗收。

4月，公司被評為2016年度江蘇省優秀企業，總經理浩健，副總經理、營銷公司總經理羅時璋榮獲江蘇省優秀企業家榮譽稱號。

7月13日，南京同仁堂文化營銷榮獲2015年度OTC市場營銷“青銅”美譽。

8月22日，南京同仁堂“安宮牛黃丸”榮獲品牌銳榜。

10月26日，南京同仁堂舉行GMP達標改造項目開工奠基儀式，標志著新廠工程建設進入實際施工階段。

11月22日，公司六味地黃丸榮登2015-2016年度中國藥品品牌榜新銳榜，排石顆粒榮登2015-2016年度中國藥品零售市場最具魅力品牌榜。

3月10日，排石顆粒、乳寧顆粒、止嗽化痰顆粒等近20個品種，寫入新版國家醫保目錄。

3月16日，公司順利通過了中知（北京）認證有限公司的知識產權貫標認證審核。

6月，排石顆粒、安宮牛黃丸等產品再次榮獲行業品牌榜。

6月15日，公司榮獲老字號創新案例先進單位。

9月，公司榮獲2016年度中醫藥百強品牌。

11月，營銷公司總經理羅時璋榮獲2017“復興杯”中醫藥文化突出貢獻獎。

12月，新版GMP達標改造項目，一期工程主體結構驗收完成。

1月，公司六味地黃丸，養血補腎丸廣告陸續在全國衛視投放，開啟了南京同仁堂衛視聯播的品牌時代。

2月，2018營銷工作年會圓滿落幕，公司確定”新挑戰·新機遇·新品質·新目標·新格局”戰略，步入發展新時代。

5月，南京同仁堂安宮牛黃丸榮膺“2018終端營銷黃金單品”。

6月，公司單月銷售近億，創造又一新里程碑。

7月，公司營銷改制5周年慶典，回顧5年發展路，翻開在新的時代背景下嶄新一頁。

11月，2018年度中國非處方藥企業及產品榜出爐，公司位列第39位，羚羊感冒口服液、養血補腎丸、六味地黃丸等在綜合榜單中上榜 。

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